Der Bau von St. Katharinen geht langsam voran. 1305 wird der (damals hochmoderne) gotische Chor errichtet und die Kirche dadurch nach Osten erweitert, am 23. Juli 1335 weiht Bischof Hinrich Bockholt das Langhaus der Kirche. Daran erinnert eine Gedenktafel an der Westfassade. Auf Grund fehlender Finanzen gerät der Ausbau, der später bis zu 25 Altäre verschiedener Zünfte und Bürgervereinigungen beherbergen und so zum Versammlungsraum werden wird, ins Stocken. Doch das entscheidende Jahr soll 1350 werden: In Lübeck wütet die Pest. Lübecker Bürger spenden große Summen, werfen sie der Legende nach in Beuteln über die Klostermauern, damit die Mönche für die noch Lebenden Fürbitte einlegten oder durch das Lesen von Messen die Verstorbenen vor dem Fegefeuer bewahrten. Aus diesen Mitteln kann der Neubau des Klosters weiter- und zu Ende geführt werden. Unter anderem wird der Kreuzgang gebaut. An die Ereignisse erinnert eine Bauinschrift, die heute im westlichen Umgang vor dem Klassenraum 012 angebracht ist:
„M cum L ter C fuerant anni tibi, Criste,
Dum plus quam mediam ferit hanc epydimia terram.
Adde ter I, claustrum novum versum fit ad austrum.
Ac libraria pressa stat ista via.
Hiis, quos mors stravit, deus hoc claustrum reparavit.
Demptis corporibus sit bene spiritibus.
1000 plus 50 dreimal 100 Jahre waren dir, Christus, abgelaufen,
als eine Epidemie mehr als zur Hälfte dieses Land tötete.
Füge dreimal eins hinzu, ein neues Kloster entsteht nach Süden gelegen.
Und eine Bücherei steht dicht an diesem Weg da.
Durch die, die der Tod niederstreckte, hat Gott dieses Kloster neu hergerichtet.
Nachdem ihnen die Körper genommen sind, möge es ihren Geistern wohl sein.“
Als Architekt des neuen Klosters gilt der Guardian (=Abt) des Klosters, Bruder Emeke. Über ihn erzählt man sich folgende Sage:
„Einer, namens Emeke, baute das Kloster in drei Jahren wieder auf; von dem wird gemutmaßt, dass er den Stein der Weisen gehabt. Der Stein liegt dort noch verborgen, und von Zeit zu Zeit kommen Leute aus fernen Landen, namentlich Welsche, und sehen an gewissen Zeichen, ob er sicher liegt. Er soll aber in dem Pfeiler stecken, wo der Evangelist Lukas das Bild des Heilandes malt; andere sagen, an der Stelle, wo der Jude sitzt und das Gewölbe trägt. An jenem Pfeiler hat ein Werkmeister einmal nachgegraben und in den Pfeiler hineingehauen, aber da hat die ganze Kirche gezittert und gebebt, und er hat’s aufgeben müssen.“
(Ernst Deecke, Lübische Geschichten und Sagen, 1851)