Seit 1221 missionieren Franziskaner in Deutschland. In Lübeck treten sie zuerst 1224/1225 auf. Sie betreiben ein Leprosenhaus (Siechenhaus für Leprakranke) vor dem Burgtor. Wohl zum Dank für diese Tätigkeit erlaubt der Senat ihnen den Bau eines Klosters im Stadtinneren und stellt ihnen ein Grundstück zur Verfügung. 1225 wird mit dem Bau begonnen. Der Aufbau dessen entspricht, wie der vieler anderer, dem des Benediktiner-Klosters auf dem Monte Cassino: Im Norden steht die Kirche, daran schließt die Klausur an, daran der profane, öffentlich zugängliche Teil des Klosters. Die Grenze markiert heute der schmale Gang, der parallel zum eigentlichen Kreuzgang verläuft. Heute sind vom ursprünglichen Bau nur noch einige Restelemente zu finden: der Unterchor der Katharinenkirche und die spätromanischen Säulen am heutigen “Grünen Tisch”.
Als Namenspatronin wählen die Franziskaner die Heilige Katharina, an deren Namenstag, dem 25. November, auch die Grundsteinlegung des Klosters erfolgt war.