Von 1806 bis 1813 steht Lübeck unter napoleonischer Besatzung; das Katharineum, Kirche wie Schule, wird in ein Lazarett umgewandelt. Der dänische Architekt Lillie entwirft auch Pläne für einen Umbau des „Lycée“, die aus Geldmangel nicht realisiert werden. Der Unterricht muss anfangs in den Privatwohnungen der Lehrer stattfinden, bis es dem diplomatischen Geschick des Schulleiters Christian Julius Wilhelm Mosche gelingt, die Klassenräume wieder räumen zu lassen und die Lehrerwohnungen von Einquartierungen freizustellen. Als Lübeck 1810 dem französischen Kaiserreich formell einverleibt wird, geht auch die Schulaufsicht an die Besatzer und Franzosen reihen sich als Französischlehrer in das Kollegium ein. Mosche nimmt persönlich als Dolmetscher und als Vorbild seiner Schüler an den Stunden teil.
Während Mosche um ein gütliches Auskommen mit den Besatzungsbehörden bemüht ist, treten zwei Mitglieder des Kollegiums, Heinrich Kunhardt und Friedrich Wilhelm Herrmann, als antifranzösische Agitatoren hervor. Herrmann, schon zuvor neben seiner Schultätigkeit ein vielseitiger Literat, publiziert verschiedene Aufrufe zur Befreiung. Als im März 1813 die Franzosen aus der Stadt abrücken, hält er die große öffentliche Ansprache an die zur Hanseatischen Legion abrückenden Freiwilligen, Kunhardt und Mosche dichten Abschiedsgesänge an die Kämpfer. Als die Franzosen noch einmal für einige Monate in die Hansestadt zurückkehren, muss Herrmann nach Mecklenburg ins Exil. Eine Inschriftentafel in einer Nische unter dem Chor von St. Katharinen (an der Wand zur Schule hin) ehrt Mosche und Herrmann. Nach dem Abzug der Franzosen wird die Kirche als Lagerhaus genutzt, der Hochchor beherbergt nun die Sammlung lübeckischer Altertümer.