Aufgrund der Zerstörung des Schulgebäudes am Palmsonntag 1942 findet für die Schüler des Katharineums Schichtunterricht in der Ernestinenschule statt, erst am 24.1.46 können sie in ihr eigenes Schulgebäude umziehen. Dort werden dann – wiederum im Schichtunterricht – die Schüler der Oberschule zum Dom mitbeherbergt. Heizmaterial ist so knapp, dass im kalten Winter 1947/48 von November bis März der Unterricht für Katharineum, Johanneum und Oberschule zum Dom im Schulgebäude des Johanneums – im bereits bekannten Schichtsystem – organisiert wird, um Heizkosten und -material zu sparen. Auch Nahrungsmittel sind rar, die von der britischen Besatzungsmacht veranstaltete Schulspeisung mit Suppe ist für viele die einzige warme Mahlzeit des Tages. 1949 reichen die Kapazitäten aus, das 1937 eingestellte 13. Schuljahr wieder einzuführen.
Trotz dieser äußeren Widerstände gibt es ein lebendiges Schulleben: Lesegruppen der Schülerschaft beschäftigen sich in ihrer Freizeit mit der nun zugänglichen Literatur und bereits damals ist der leichtathletische Wettstreit mit den anderern Lübecker Schulen ein Höhepunkt des Schuljahres.
Auch am renovierten Schulgebäude verändert sich etwas: Die Nischen an der Westfassade der Katharinenkirche (zur Königsstraße hin) werden 1947 mit den schon in den 30er Jahren geschaffenen Figuren Ernst Barlachs bestückt. 1949 kommen auch Skulpturen von Gerhard Marcks hinzu. Nicht nur sie, sondern auch die Aufnahme der Kirche in die Reihe der Lübecker Museen ziehen heute die Aufmerksamkeit vieler Besucher auf sich. Abgesehen davon wird „unsere“ Kirche für Konzerte, Andachten, die Abiturientenentlassung und auch gerne zur Veranschaulichung im Unterricht genutzt.